Pierwszy etap badania określa, czy mieliśmy kontakt z wirusem HPV, bez określania, którego typu. Nasz test PCR wykrywa sekwencje DNA wirusa (nawet znajdującego się w uśpieniu) dla 38 genitalnych typów HPV, takich jak: 6, 11, 16, 18, 30, 31, 33, 34, 35, 39, 42, 43, 45, 51, 52, 53, 54, 56, 58, 59, 61, 62, 66, 67, 68, 70, 72, 73, 74, 82, 83, 84, 90, 91, CP8304, JC9710, IA09, mM7

Przy wyniku dodatnim, wykonywany jest Test HPV - Multiplex PCR umożliwiający genotypowanie i dokładne określenie, najczęściej występujących w naszej populacji, typów brodawczaka (ponad 90% wszystkich infekcji): HPV6, HPV11, HPV16, HPV18, HPV31 i HPV33.

Drugi etap ma na celu określenie, czy mamy do czynienia z aktywną infekcją najbardziej onkogennych wirusów HPV16 i HPV18, czy niskiego ryzyka: HPV6 lub HPV11 powodujących np. kłykciny lub wirusami tzw. średniego ryzyka HPV31 lub HPV33. Na te właśnie typy wirusa HPV dostępne są szczepionki. 

Najważniejsza w badaniu HPV jest wiedza, czy mieliśmy kontakt z wirusem HPV, a jeśli tak, to czy są to typy wysokoonkogenne. Wielu badaczy sugeruje nawet, żeby wszystkie badania w kierunku HPV ograniczyć jedynie do dwóch typów: HPV16 i HPV18, czyli największego ryzyka powstania nowotworów. Pozostałe typy są rzadko występujące lub mogą powodować jedynie niegroźne zmiany chorobowe. 

Dzięki badaniom w kierunku HPV, w niektórych krajach skandynawskich, udało się wyeliminować prawie całkowicie przypadki raka szyjki macicy. Pozytywny test na HPV umożliwia profilaktykę i zmniejszenie prawie do zera ryzyka powstania nowotworu. Pacjentki częściej robią cytologię i kolposkospię, co umożliwia usuwanie wszelkich zmian we wczesnej fazie. Ponadto masowe szczepienia nastolatek przeciwko HPV (w niektórych krajach również chłopców), skutecznie zminimalizowały koszty związane z leczeniem raka szyjki macicy, prącia, odbytu i sromu oraz niektórych nowotworów głowy i szyi.